Functionalitatile principale puse la dispozitie de Hipocrate au o structura modulara, pentru a reflecta rolurile si responsabilitatile principale indeplinite de personalul medical si paramedical. Aceste module pot functiona independent sau impreuna. De asemenea, un utilizator nu are acces decat la functionalitatea specifica activitatii sale. De exemplu, un medic are acces la pacientii proprii si la pacientii aflati in sectia din care face parte, dar nu are acces la stocurile de farmacie sau la aparatura de laborator. Totusi, el va putea accesa lista de medicamente cu stoc disponibil pentru a prescrie un tratament sau la lista de analize pentru a cere anumite investigatii.