Programul a fost înfiinţată în 1992 ca urmare a deciziei relevante ale Conferinţei Generale a UNESCO luate în sesiunea 26.

 Acesta a fost lansat cu scopul de a dezvolta cooperare interuniversitară, în timp ce subliniind transferul de cunoştinţe între universităţi şi promovarea solidarităţii academice din întreaga lume.

UNESCO-CEPES a fost implicat în Programul de la bun început, responsabilităţile sale de coordonare fiind deosebit de axat pe scaune UNESCO şi Networks relevante pentru activităţile în domeniul învăţământului superior din regiunea Europa.

UNESCO-CEPES a contribuit la crearea unui număr important preşedinţilor de UNESCO şi a reţelelor UNITWIN stabilite în diferite discipline şi domenii inter-disciplinare.

UNESCO-CEPES şi-a concentrat sprijinul pe:

Contribuţia la procesul de reformare de învăţământ superior, atât la nivel naţional şi instituţional, în special în Europa Centrală şi de Est, din perspectiva obiectivelor şi principiilor Procesului de la Bologna;

Implicarea activă în crearea de expertiza necesară în regiune prin intermediul programelor de cercetare comune, mobilitatea academică şi cooperarea internaţională;

Prospectarea dezvoltarea de reţele instituţionale şi de instituire a noilor UNESCO Scaune / Retele, în special în domenii precum guvernarea învăţământului superior şi de management sau antreprenoriat academic.

UNESCO-CEPES de sprijin , de obicei, constă în consiliere şi expertiză pentru înfiinţarea UNESCO scaune noi şi reţele şi / sau subvenţii mici pentru punerea în aplicare a anumitor activităţi la nivel instituţional disciplinare.